Résumé officiel de l'épisode : Projeté dans la zone fantôme, une prison kryptonnienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoir et entouré de criminels à la recherche de vengeance, envoyés par son père. Pendant ce temps, Zod retient Lana captive afin qu'elle lui donne un héritier et entreprend de transformer la terre en une nouvelle planète ressemblant à Krypton en utilisant les données contenues dans le vaisseau spacial. Après que l'avion dans lequel voyageaient Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El dit à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloé retrouve une ancienne connaissance... : Jimmy Olsen...
6.02 - Sneeze
Résumé officiel de l'épisode : Clark travaille dur pour nettoyer les dégâts de Zod et développe ce qu'il pense être son premier rhume. Cependant, il découvre bientôt qu'il s'agit d'un nouveau pouvoir, le super souffle ! Lois travaille à l'Inquisiteur, un journal local, et Lana emménage avec Lex qui croit être suivi. Ce qui s'avère très vite vrai puisqu'il est enlevé...
6.03 - Wither
Résumé officiel de l'épisode : Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causés quand il était Zod, Lex organise un bal masqué de charité pour la ville et engage les All-American Rejects pour jouer. Parallèlement, Clark et Chloé poursuivent une créature qui utilise des corps d'hommes pour procréer. La chasse s'intensifie lorsque la créature capture Jimmy Olsen. Loïs accepte à contrecoeur d'être la cavalière d'Oliver Queen au bal de Lex...
6.04 - Arrow
Résumé officiel de l'épisode : Alors qu'elle s'occupe d'une collecte de fonds, Loïs surprend Green Arrow en train de voler un collier de diamants appartenant à Martha et veut découvrir qui se cache derrière ce costume. Clark mène sa propre enquête et apprend qu'Oliver Queen est en fait Green Arrow et qu'il vole aux riches pour donner aux pauvres. Parallèlement, Lex demande de l'aide à Lionel pour tester la loyauté de Lana...
6.05 - Reunion
Résumé officiel de l'épisode : Lorsqu'ils étaient adolescents, Lex et Oliver fréquentaient la même école, où Oliver et sa bande s'en prenaient à Lex et son ami Duncan. Afin de rentrer dans leur groupe, Lex a repoussé Duncan, incitant celui-ci à se jeter du toit. Lex et Oliver retournent à l'école pour une réunion des anciens élèves et sont horrifiés de découvrir que les anciens amis d'Oliver sont tués les uns après les autres dans des accidents violents et mystérieux qui semblent incriminer Duncan.
Parallèlement, Clark étudie des photos satellites qui montrent que quatre autres cratères ont été créés le jour où il s'est échappée de la Zone Fantôme, lui faisant penser que d'autres prisonniers ont pu le suivre...
